Die Hochschule bietet im Bereich ihres postgradualen Programms auch die Möglichkeit zu weiterführenden und vertiefenden Aufbaustudien mit dem staatlich anerkannten Abschluss eines  Doctor of Philosophy. Als Schwerpunkte können verschiedene Themen aus dem breit gefächerten Bereich der an der Hochschule angebotenen Lehre in Philosophie und Theologie gewählt werden. Zu diesem Programm kann zugelassen werden, wer ein mindestens achtsemestriges Studium in einem Studiengang oder in konsekutiven Studiengängen absolviert hat. Teil dieses Aufbaustudiums ist eine Graduiertenschule.

Die Graduiertenschule ist eine Einrichtung der Philosophisch-Theologischen Hochschule Sankt Georgen. Sie dient der bestmöglichen Förderung von Doktoranden mit dem Ziel, den Grad eines ‚Doctor of Philosophy‘ (PhD) zu erwerben. Im Rahmen der Graduiertenschule absolviert jeder Doktorand ein strukturiertes weiterführendes Studium. Dieses ist speziell auf sein Promotionsthema zugeschnitten und bildet ein eigenständiges Element innerhalb der Promotion zum PhD. Es wird unter Berücksichtigung von gemeinsamen Vorschlägen des Doktoranden und des Erstbetreuers durch den Leiter der Graduiertenschule festgelegt. Unter dem Dach der Graduiertenschule werden zudem spezielle Studienangebote im postgradualen Bereich (z.B. Oberseminare, Kolloquien, Tagungen) gebündelt, die der wissenschaftlichen Vertiefung des eigenen Dissertationsvorhabens, der Präsentation und Diskussion erster Forschungsergebnisse und dem interdisziplinären Austausch unter den Doktoranden dienen.